음악이 치료의 도구로 사용된 역사는 성서에까지 거슬러 올라간다. 구약성서에서 목동 다윗이 사울왕의 질병을 위해 하프를 연주할 때 악신이 떠나고 제정신이 들었다는 것이 그 예이다.³⁾ 원시 시대의 주술사들 역시 음악과 춤을 통해 질병에 걸린 사람을 치료하거나 액운이 깃든 사람의 영혼을 치유하였다. 고대 그리스인들도 음악을 치료와 예방의 수단으로 사용하였으며, 의학이 교회의 영향권으로 예속되었던 중세에도 음악과 인간의 삶은 밀접한 관계를 유지했다.

17세기에 이르러 많은 의사들이 음악의 치료 가치에 대해 생리학적, 심리학적으로 논함으로써 음악의 효과가 연구되기 시작하였다. 이러한 흐름은 18세기에도 계속 이어져 음악의 생리적 효과에 대한 연구가 더욱 활발해졌다. 그리고 점차적으로 과학적 치료가 강조됨에 따라 음악치료는 특수 분야로 인식되기 시작하였다.

19세기에 들어와 해부학, 세균학, 생화학, 신경·정신과학 등에서 많은 임상 연구가 진행되면서 병을 예방하고 치료하는 데에도 많은 과학적인 방법들이 사용되었다. 이를 발판으로 20세기에 들어오면서 음악치료가 보다 체계화되기 시작하였는데, 특히 제1차·제2차 세계대전이 끝난 후부터 재향군인병원을 중심으로 하나의 전문 분야로 발전하게 되었다.