코헛에 따르면, 자기 장애의 분석에서 발생하는 또 다른 중요한 현상은 변형적 내재화(transmuting internalization)이다. 이것은 환자에게 최적의 좌절을 제공하는 분석가에 의해 주도되는 효과적인 내재화 과정으로 묘사된다. 이것은 자기가 자기대상이 부재한 상황에서 자기대상이 해주던 기능을 스스로 수행할 수 있는 구조를 건설한다. 코헛은 자신의 내재화 개념을 하트만이 말하는 것과 구별하면서 4가지 특성을 강조했다: (1) 내재화는 실제로 발생한다; (2) 환자는 기꺼이 내재화하고자 한다; (3) 이것은 갑작스럽거나 압도적인 자기대상 욕구의 좌절이 아닌 최적의 좌절 경험에 따른 결과이다; (4) 환자는 자기대상과의 개인적 연결에서 벗어난다. 자기대상은 의도와 주도성과 중심을 지닌 분리된 대상이라기보다는 종종 자기의 일부로 경험되기 때문에, 완전히 인격화되지 않는다. 따라서 내재화된 자기대상 기능들은 내사와 동일시에서 발생하는 것과는 달리, 동일시할 수 있는 대상(identifiable object)과 연결되지 않거나 확고한 대상의 명칭을 얻지 못한다. 대신에, 그 기능은 “흠없이”(seamless) 덧붙여지는 자기 구조가 된다.